Hallo Mara,
kluftige Steine mit wenig Sand ist völlig in Ordnung, nur musst Du eben sehen, wie das Nitrat aus dem Wasser kommt. Auf den Reduktionseffekt von dicken Steinen oder großer Sandschicht kannst Du nicht rechnen, diese dicken Sandschichten haben aber auch ihre eigenen Probleme, von daher ist das nicht so schade.
Ein Algenrefugium z.B. zieht Nitrat aus dem System durch Wachstum, auch Pelletreaktoren, NP-Baktobalance und ähnliches entzieht dem Wasser durch Bakterienwachstum Nährstoffe. Das klappt dann natürlich nur, wenn sie auch Phospor haben, den sich die meisten Tiere und Pflanzen aus dem gelösten Phosphat ziehen.
Ich würde aber wie gesagt mit drei großen Wassewechseln von 50 Prozent beginnen, um den Nitratwert auf eine angemessene Größe zu stutzen.